A partir da década de 1940, o Estado do Espírito Santo, por meio da Secretaria de Agricultura (Seag), passou a desenvolver de forma mais efetiva o trabalho de defesa agropecuária. Em 1948, foi criado o Instituto Biológico do Estado do Espírito Santo (Ibees), no município de Cariacica, vinculado à Seag. O objetivo era realizar as atividades de apoio à pecuária por meio do diagnóstico de doenças dos animais.

Durante as décadas de 1950 e 1960, foram implantados os primeiros programas de sanidade animal e vegetal no Estado. Mas, somente a partir de 1971, com a criação do Grupo Executivo de Combate à Febre Aftosa (Gecofa), o desenvolvimento dos trabalhos foi estruturado.

Em 1974, o Gecofa foi extinto, mas devido à necessidade de manutenção do serviço, sua estrutura permaneceu, e surgiu a primeira organização do sistema agrícola do Estado, que culminou na criação de sete instituições:

1. Empresa Capixaba de Pesquisa Agropecuária (Emcapa).
2. Empresa de Assistência Técnica e Extensão Rural do Espírito Santo (Emater).
3. Empresa Espírito Santense de Pecuária (Emespe).
4. Companhia Integrada de Desenvolvimento Agrícola (Cida).
5. Companhia de Armazéns e Silos do Espírito Santo (Cases).
6. Centrais de Abastecimento do Espírito Santo S/A (Ceasa).
7. Instituto de Terras e Cartografia (ITC).

Em 1975, foi fundado o Instituto Estadual de Florestas (IEF). A Emespe substituiu o Gecofa e ampliou suas atividades no setor da pecuária.

Em 1996, o sistema da Seag foi reestruturado e reduzido de sete para quatro instituições. Da fusão das atividades da Emespe e do Instituto de Terras, Cartografia e Florestas (ITCF), surgiu o Instituto de Defesa Agropecuária e Florestal do Espírito Santo (Idaf).

O Instituto foi criado pela Lei Complementar nº 081, de 29 de fevereiro de 1996, e publicado no Diário Oficial de 1º de março de 1996, regulamentado pelo Decreto nº 4.006, de 17 de julho de 1996, e publicado no Diário Oficial de 18 de julho de 1996.